A história se passa no século XIX, retrata a burguesia hipócrita da época. O autor se vale do personagem magnífico Dr. Simão Bacamarte (O Alienista) que casou-se com D.Evarista, que não tinha nenhum atributo de beleza, mas tinha todas as chances de dar ao Dr. Simão, filhos robustos e inteligentes. No entanto isso não ocorre, mesmo depois de dietas e ações médicas realizadas por Dr.Simão os filhos não chegaram. Ele então se dedicou ao estudo da medicina e dentro dela se interessou pela neurologia, estudando assim a sanidade e a loucura humana.
Foi então que pediu licença ao governo de Itaguaí para construir uma residência onde os loucos da cidade se instalariam e seriam tratados, favorecendo também o estudo sobre os limites entre a razão e a loucura. D.Evarista tentou desiludi-lo inventado uma viagem ao Rio de Janeiro, mas ele não cedeu.
Assim foi inaugurada a Casa Verde. Dr. Simão estudava e dedicava-se muito ao seu trabalho. Foi então que começou o terror em Itaguaí, Costa foi levado à Casa Verde. Costa havia recebido uma herança que dava-lhe para viver até “o fim da vida”, mas gastou-a toda em empréstimos aos outros indo para a miséria. Todos surpreenderam-se com a prisão de Costa, já que esse era um homem são. Quando a prima de Costa foi pedir a saída dele da Casa Verde acabou também sendo levada e presa. Depois prenderam Mateus, o homem apenas tinha uma bela casa com um belo jardim, a qual vistoriava cedo e à noite, repousava para que os outros admirassem a ele e a casa.
No começo a vila de Itaguaí aplaudiu a atuação do Alienista, mas os exageros de Simão Bacamarte ocasionaram um motim popular, a rebelião das canjicas, liderados pelo ambicioso barbeiro Porfírio. Porfírio acaba vitorioso, mas em seguida compreende a necessidade da Casa Verde e alia-se a Simão Bacamarte. Há uma intervenção militar e os revoltosos são trancafiados no hospício e o Alienista recupera seu prestígio. Entretanto Simão Bacamarte chega à conclusão de que quatro quintos da população internada eram casos a repensar, então solta todos os recolhidos no hospício e adota critérios inversos para a caracterização da loucura: os loucos agora são os leais, os justos, os honestos etc.
No fim do tratamento todos foram postos fora e analisando, Bacamarte verifica que ele próprio é o único sadio e reto, por isso o sábio Dr. Simão Bacamarte internou-se no casarão da Casa Verde, onde morreu dezessete meses depois e recebeu honras póstumas.